日本商标申请的流程包括以下步骤：

日本商标查询：在提交日本商标注册申请之前，进行日本商标查询，以确保该商标在市场上未被他人注册。

准备申请档：根据日本商标法规定，准备日本商标注册申请档，包括日本商标图样、申请表、使用证据等。

提交申请：将申请档提交给日本专利厅（JPO）。

官方审查：日本专利厅（JPO）将对申请进行审查，包括形式审查和实质审查。

公告异议：经过审查后，被日本专利厅认为可以接受注册的日本商标，将在日本商标期刊上刊登公告，公告期间任何人都可以向公告商标提出异议。

核准注册：如果在公告期间无人提出异议，或者异议经答辩不成立，日本专利厅将核准该商标注册，并向申请人下发商标注册证书。

需要注意的是，日本商标注册的申请流程和时间因各种因素而有所不同，因此需要耐心等待。同时，为了确保日本商标注册的成功，需要遵守日本商标法规和相关规定。

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