日本公司主要需要缴纳三种税种：法人税（利得税）、消费税（增值税）、地方税（事业税和住民税） 以及不需要做独立核算的分公司。
 

1. 法人税的缴纳金额跟公司的注册资金和营业额有关。即根据该日本公司的注册资本，采取不同的纳税比例：注册资本在5000万日元一下，法人税税率为18%-24%；注册资本为5000万日元以上，则采用24%-35%的税率。

2. 消费税即增值税，根据商品的价格，按照5%的比例来征收。而在公司注册成立的前两年，是可以根据条件来申请减免消费税的。

3.地方税分为事业税和住民税。地方税是根据企业的利得税，按照1.2%-4%的比例来缴纳。分公司，不需要做独立核算，法人税按照公司的总公司资本金为基础，税务可以拿回国内退税。

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